مدال جایزه مصطفی(ص) شمایلی از اسطرلاب به عنوان یکی از نمادهای علمی مسلمانان در اعصار و قرون گذشته دارد که بر اهمیت جایگاه و موقعیت طلایی مسلمانان در حوزه علم و دانش و پیشگامی شان در حوزه تولید علم و فناوری در جهان تاکید می کند. اسطرلاب دستگاه و صفحه مدور فلزی است که به طرزی بسیار دقیق، ظریف و مستحکمی ساخته شده است و برای مطالعات و محاسبات نجومی از جمله پیدا کردن ارتفاع و زاویه آفتاب، محل ستارگان، سیارات و منطقه البروج و به دست آوردن طول و عرض جغرافیایی محل در تمام مدت شبانه روز و فصول مختلف سال به کار میرود. از آنجا که در گذشته بسیاری از دانشمندان مسلمان مشرق زمین در این رشته علمی سرآمد بوده اند، این مدال طرحی از اسطرلاب را به عنوان نمادی برای اعطا به دانشمندان برگزیده عصر حاضر در نظر گرفته است.
در میانه این مدال، عقیق سرخی نقش بسته که در روایات و احادیث دین مبین اسلام بر فواید استفاده از آن توصیه شده است. عَقیق یا آگات گونه‌ای سنگ گران‌بها است. این سنگ نوعی از درِّ کوهی است که بیشتر از سنگ یمانی تشکیل شده‌است. ویژگی عقیق ریزدانه بودن و روشنی رنگ آن است. بهترین آن سرخ، زرد و سفید است. از این کانی به عنوان خواص درمانی در سنگ درمانی نیز استفاده می شود.
رسول مکرم اسلام که این مدال مزین به نام ایشان است، هر کس که انگشتری عقیق به دست داشته باشد را حاجت روا خوانده اند. پیامبر اکرم همچنین می فرمایند: ” انگشتر عقیق در دست کنید مادامی که آن را با خود داشته باشد، اندوهی به شما نمی رسد.”
یکی دیگر از ویژگیهای مدال جایزه مصطفی(ص)، محوریت شکل هندسی دایره در آن است. دایره از مهمترین اشکالی است که با مفهوم بی‌نهایت پیوند دارد و انسان در طول تاریخ پیوسته مفهوم جاودانگی را در این شکل مجسم کرده است. همچنین شکل هندسی دایره، کروی بودن زمین را هم مجسم می کند و این نکته را یادآور می شود که علم و دانش مرز نمی‌شناسد. چنانچه یکی از مهم ترین ملاک های اعطای جایزه مصطفی(ص)، توسعه مرزهای علم و دانش توسط دستاورد علمی برتر است.
سه زبان زنده دنیا شامل فارسی، عربی و انگلیسی بر روی مدال جایزه مصطفی(ص) حک شده است و پایهای آن را نگهداری میکند. نام دانشمند برگزیده نیز روی این پایه درج شده است. همچنین نظیر سایر مدالهای معتبر بین المللی، عنوان جایزه و سال شروع جایزه مصطفی(ص) در یک طرف و برخی مشخصات جایزه نظیر حوزه و سال اعطا بر پشت این مدال حک شده است. از طرف دیگر هر مدال و نماد، در نگاه اول مفاهیمی را به ذهن بیننده متبادر می سازد که شمایل گنبدی شکل فوقانی مدال را می توان برداشتی آزاد از مفاهیم دینی دانست. همچنین رنگ طلایی نیز به دلیل کاربرد فراوان در بناهای مذهبی و همچنین هنر تذهیب ، یکی از رنگ های اسلیمی شناخته می شود که در این مدال نیز به عنوان رنگ غالب مورد استفاده قرار گرفته است.